Penyelenggaraan pendidikan yang berkualitas akan menghasilkan generasi yang selama ini diidamkan oleh ummat dan masyarakat demi terbentuknya insan kamil. Penyelenggaraan pendidikan kayaraya dan pengajaran merupakan tanggungjawab pemerintah, masyarakat dan kita semua untuk mencetak kader generasi muda baik sebagai individu yang sholeh maupun ummatan wasathon- yang berakidah benar, qur’ani dan berakhlak karimah sehingga bisa menjadi generasi khoiru ummah. Persiapan tersebut tentu saja harus dilakukan sejak dini dan bersifat multidimensional yang mencakup aspek imtaq, iptek, mental dan skill.

Dalam kontek itulah Pondok Pesantren Rafah hadir di tengah-tengah masyarakat untuk berkhidmah kepada ilmu dan santri walau dengan kemampuan yang terbatas. Lembaga ini bernaung dibawah Yayasan Ar Rahmah, didirikan pada tahun 1999 dan dipimpin oleh KH. Muhammad Nasir Zein, MA dengan membawa misi melahirkan kader ulama intelek yang amilin (berkiprah nyata) dengan manhaj ahlussunnah wal jama’ah.

Mulai tahun ajaran 2009 – 2010 Pondok Pesantren Rafah membuka kurikulum pendidikan Tarbiyatul Mu’allimin Al Islamiyyah (TMI) program Reguler / MTs dan MA dengan jenjang pendidikan 6 tahun untuk lulusan MI/SD. Dan mulai tahun ajaran 2011 – 2012 dibuka Program Intensif / MA dengan jenjang pendidikan 4 tahun untuk untuk lulusan SMP/MTs, didukung dengan program unggulan hafalan Al Qur’an, kemampuan percakapan harian dengan Bahasa Arab dan Inggris serta praktek berorganisasi dan pengembangan kemampuan / skill lainnya.